Studio e analisi dei processi fisici, chimici e biologici che determinano il funzionamento e la dinamica degli agro-ecosistemi negli ambienti a clima mediterraneo, per il miglioramento quali-quantitativo delle produzioni, per l’ottimizzazione dell’uso delle risorse naturali, e per la valorizzazione delle funzioni dei sistemi agricoli e forestali. Sviluppo e applicazione di metodi di ricerca e di innovazioni tecnologiche avanzate per il monitoraggio e la previsione degli impatti e delle risposte degli ecosistemi agrari e forestali alle pressioni antropiche e climatiche.

L’ISAFOM afferisce al Dipartimento di Scienze Bio-Agroalimentari del CNR ed ha una "massa critica" di 89 unità ripartito tra le sedi di Portici - NA (sede centrale), Catania, Rende (CS), e Perugia.