CNR ISAFOM

Studio e analisi dei processi fisici, chimici e biologici che determinano il funzionamento e la dinamica degli agro-ecosistemi negli ambienti a clima mediterraneo, per il miglioramento quali-quantitativo delle produzioni, per l’ottimizzazione dell’uso delle risorse naturali, e per la valorizzazione delle funzioni dei sistemi agricoli e forestali. Sviluppo e applicazione di metodi di ricerca e di innovazioni tecnologiche avanzate per il monitoraggio e la previsione degli impatti e delle risposte degli ecosistemi agrari e forestali alle pressioni antropiche e climatiche.

L’ISAFOM afferisce al Dipartimento di Scienze Bio-Agroalimentari del CNR ed ha una "massa critica" di 89 unità ripartito tra le sedi di Portici - NA (sede centrale), Catania, Rende (CS), e Perugia.

 Journals BMC Genomics  volume 21, Article number: 317 (2020)

The investigation of transcriptome profiles using short reads in non-model organisms, which lack of well-annotated genomes, is limited by partial gene reconstruction and isoform detection. In contrast, long-reads sequencing techniques revealed their potential to generate complete transcript assemblies even when a reference genome is lacking. Cynara cardunculus var. altilis (DC) (cultivated cardoon) is a perennial hardy crop adapted to dry environments with many industrial and nutraceutical applications due to the richness of secondary metabolites mostly produced in flower heads.

The investigation of this species benefited from the recent release of a draft genome, but the transcriptome profile during the capitula formation still remains unexplored. In the present study we show a transcriptome analysis of vegetative and inflorescence organs of cultivated cardoon through a novel hybrid RNA-seq assembly approach utilizing both long and short RNA-seq reads. Viev Full Text

By Giuseppe D. Puglia, Andrey D. Prjibelski, Domenico Vitale, Elena Bushmanova, Karl J. Schmid & Salvatore A. Raccuia

Dr. Raccuia Salvatore Antonino, Italian National Research Council | CNR · Institute for Mediterranean Agriculture and Forest Systems ISAFoM

Dr. Puglia Giuseppe Diego, Italian National Research Council | CNR · Institute for Mediterranean Agriculture and Forest Systems ISAFoM

LINK https://bmcgenomics.biomedcentral.com


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