L'ISAFOM per rispondere alle esigenze di funzionalità per l'esercizio delle proprie attività istituzionali è dotato della seguente struttura organizzativa:
- Segreteria della Direzione
- Segreteria Amministrativa
- Segreteria coordinamento e rendicontazione progetti di ricerca
- Economato
- Protocollo
- Servizio Biblioteca e Documentazione
- Servizio Protezione e prevenzione
- Servizio reti e sistemi informativi
- Servizio Tecnico e Manutenzione
- Servizio Protezione Ambiente
- Servizio del Personale